Tego dnia o godz. 10.00 odprawiono nabożeństwo w kościele Najświętszej Marii Panny (był to ostatni na długie lata przypadek, w którym msza oficjalnie towarzyszyła inauguracji roku akademickiego). Następnie odbyła się uroczystość w budynku Collegium Maius. W jej trakcie zaplanowano dwa wykłady: "Mikołaj Kopernik na tle renesansu" profesora Kazimierza Hartleba i "Astronomia od czasu Kopernika do chwili obecnej" profesora Władysława Dziewulskiego, prorektora UMK. Naukę rozpoczęło 1605 studentów.

W inauguracyjnym wystąpieniu rektor Ludwik Kolankowski mówił: "Znikły ze wszystkich naszych ziem pomorskich na zawsze krzyżackie upiory, a na oswobodzonych terenach poczuł się wdzięczny lud polski pełnoprawnym, zdolnym do twórczej inicjatywy i owocnej pracy gospodarzem. Doniosłym stwierdzeniem tych nowych dziejowych warunków jest właśnie dzisiejsza nasza uroczystość otwarcia pierwszego na ziemiach północnych uniwersytetu".

Z okazji inauguracji roku akademickiego 1945/1946 prezydent Torunia zwrócił się w prasie z apelem do mieszkańców miasta, by udekorowali swoje domy biało-czerwonymi flagami.