Załoga ORP Gen. T. Kościuszko wraz z komponentem lotniczym (śmigłowiec SH-2G) oraz pododdziałem wojsk specjalnych uczestniczyła w misji w ramach Stałego Zespołu Okrętów NATO Grupa 2 (SNMG 2), od 5 lipca do 31 sierpnia 2016 roku. Jednym z jego głównych zadań było przeciwdziałanie nielegalnemu przemytowi ludzi drogą morską. Obecnie w skład zespołu wchodzi sześć okrętów (z Holandii, Grecji, Turcji i Wielkiej Brytanii), a jednostką flagową zespołu jest holenderska fregata HNLMS De Ruyter. Polska załoga liczyła łącznie ponad 200 żołnierzy.

Fregata ORP Gen. T. Kościuszko w ramach misji przebyła 12 500 mil morskich. Uczestniczyła w 11 akcjach zapobiegania aktom nielegalnej imigracji. Według ostrożnych szacunków, nasi marynarze namierzyli około 300 osób, które próbowały przedostać się do Europy drogą morską. Pomimo obecności w rejonie małych jednostek straży przybrzeżnej Turcji i Grecji oraz mniejszych jednostek obu marynarek wojennych, w około 80% przypadków to załoga ORP Kościuszko wykrywała jako pierwsza łodzie z imigrantami i naprowadzała pozostałe jednostki na zlokalizowany cel. Wynikało to z potencjału sprzętu obserwacyjnego, w jaki wyposażona jest polska fregata oraz z wyszkolenia załogi, a także zdolności do ciągłego i nieprzerwanego prowadzenia obserwacji. Polska jednostka była jedną z najaktywniejszych w zespole, szczególnie na Morzu Egejskim. Misja patrolowa wykazała uniwersalność jednostek klasy fregata, a także przydatność tych okrętów dla Polskiej Marynarki Wojennej.

Misja okrętu została bardzo pozytywnie oceniona przez sojuszników (zwłaszcza Greków) oraz przez polskie placówki dyplomatyczne, które w każdym porcie dbały o promocję Polski w regionie. Podczas dwumiesięcznej misji ORP Kościuszko przebywał w portach: Rota (Hiszpania), Augusta (Włochy), Konstanta (Rumunia), Pireus (Grecja), Souda (Grecja), Uzunada (Turcja), La Valetta (Malta) oraz Lizbona (Portugalia).